Wenn die Fehlermeldung nicht geheim ist, dann poste sie hier. Wenn sie geheim ist, kann dir nur MSFT helfen.

Ich vermute es liegt am WSUS. Lösch den Eintrag von WU HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\WindowsUpdate komplett raus. Jetzt den Dienst WUAUSERV auf der Commandline mit net stop wuauserv && net start wuauserv [ENTER] neu starten. Jetzt kannst Du .Net Framework 3.5 installieren.

Puh, anstrengend ist das hier wieder.

Du führst das auf dem WSUS aus? Falls ja, der Server will an der Stelle die Dateien vom WSUS downloaden, da Du ja einen WSUS in der Registry eingetragen hast. Also musst Du wie folgt vorgehen:

Kopiere von der passenden Server-DVD/Server-ISO das Verzeichnis Sources incl. aller Unterverzeichnisse auf z.B. C:\Sources. Jetzt den WSUS-Eintrag aus der Registry löschen. HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Microsoft\Windows\WindowsUpdate incl. Unterschlüssel löschen. Jetzt den Dienst WUAUSERV auf dem Server neu starten. Jetzt kannst Du das .Net Framework wieder installieren, gib aber diesmal den Pfad zu C:\Sources an.

Hat es denn funktioniert? Falls ja, musst Du anschließend natürlich wieder ein gpupdate /target:computer auf dem Server/WSUS ausführen, damit das GPO mit seinen Einstellungen wieder gezogen wird.