Das habe ich noch nie probiert. AFAIK braucht der WSUS aber pro Frontend ein Backend mit dem Namen SUSDB. Das Wort SUSDB ist im Code vermutlich hard coded. Ich habe es noch nicht gesehen, wie man den Namen ändern kann.

Eine zusätzlich Instanz zu erstellen, sollte IMO nicht das Problem darstellen. Ihr werdet aber sicherlich wissen weshalb ihr das nicht machen könnt.

Was spricht gegen die Windows Internal Database auf dem WSUS selbst?

Ganz wichtig ist die Bereinigung per Script täglich und das ReIndexierungsscript auch wöchentlich, oder sogar täglich laufen zu lassen.

Falls die Konsole öfter wegbricht, hilft das Setzen des Speichers: (Du musst Dich Einloggen oder Registrieren um Multimediadateien oder Links zu sehen).