Lösch doch in der Registry das hier

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate
 

mit allem was auf der rechten Seite zu finden ist. Jetzt einen Neustart ausführen und in einer administrativen Commandline das hier ausführen:

wuauclt /resetauthorization /detectnow
2 Minuten warten
wuauclt /reportnow
2 Minuten warten
 

Und jetzt die WSUS-Konsole aktualisieren, kommt jetzt der Server in die Gruppe der nicht zugewiesenen Computer?

Oder das hier in einer administrativen Commandline:

net stop wuauserv
rd /s /q %windir%\softwaredistribution
net start wuauserv
wuauclt /resetauthorization /detectnow
wuauclt /reportnow
 

Haben die beiden Server denn schon irgendein Update installiert oder sind die komplett ohne jedes Update? Falls noch kein Update installiert ist, kannst Du das letzt CU installieren und nochmal testen.

Erzeuge auch mal eine WindowsUpdate.log mit der Powershell und such dort nach Fehlermeldungen. Nein, bitte hier nicht komplett posten oder anhängen. Selbst ist der Mann.