Ja, das Thema kommt immer wieder hoch, aber es hat noch nicht jeder gepostet.

Wenn Du Datenmüll weghaben willst, mußt Du aber auch umdenken, das schafft fast niemand.
Neuen WSUS installieren, als Updatequelle MSFT angeben, Erstsynchronisierung durchlaufen lassen, fertig. Solange Du kein Update zur Installation genehmigst, wird auch nichts gedownloadet.
Auf dem alten WSUS hast Du sicherlich alles automatisiert, das ist der Grund für so viele GB an Updates. Wie oft läuft denn der Serverbereinigungsassistent? Der sollte per Script täglich im Taskplaner laufen.
(Du musst Dich Einloggen oder Registrieren um Multimediadateien oder Links zu sehen). Das zweite Script verschickt auch Mails mit Details.
D.h. für dich, keine automatische Genehmigungsregel erstellen, sondern warten bis sich die Clients melden und Updates anfordern. Die angeforderten Updates siehst Du in der Ansicht 'Nicht genehmigte Updates', die Ansicht erreichst Du direkt von der Startseite des WSUS aus. Nur die angeforderten Updates genehmigen, das hilft bei einem schmalen Content. Setzt aber auch voraus, dass sich der Admin mit dem Thema
etwas mehr als nur 2 Minuten pro Woche beschäftigt.
Wenn Du allerdings alles so lassen willst, dann mach den Haken rein beim Replikatserver und warte 2 Tage ab. Nach diesen 2 Tagen kannst Du dann das GPO abändern, die Clients zum neuen WSUS schicken und den neuen WSUS als Master-WSUS konfigurieren, fertig.