Wie gleich sind denn die Clients in Sachen Windows Build? Du kannst dir im WSUS die Version einblenden lassen, dann siehst Du schon mal einen Unterschied. Die Version ist zwar 'nur' der lokale Windows Update Agent, aber man sieht gleich ob W10 1803 oder 1903.
Wird denn die SUSDB in der WID mit Scripten gepflegt? Grundsätzlich kann das nicht mit dem Problem zusammen hängen, aber hilft für die Performance auf jeden Fall.
Weiter kannst Du auf jeden Fall diese Einstellung vornehmen:
(Du musst Dich Einloggen oder Registrieren um Multimediadateien oder Links zu sehen).Das mit den Reports kenne ich, allerdings haben wir nicht so viele Clients, aber es waren immer welche dabei die nicht oder sehr spät einen Report abgeliefert hatten. Ich hab eine geplante Aufgabe für die Clients angelegt, ausgeführt wird sie durch den angemeldeten User stündlich.
%windir%\System32\UsoClient.exe Startinteractivescan
%windir%\System32\wuauclt /reportnow
Damit habe ich 99% der Clients eingefangen, Reports kommen stündlich. Im WSUS sieht das natürlich gut aus, der Job läuft zur vollen Stunde, 10-12 Minuten später sind alle Berichte da.

Kannst Du natürlich auch auf 2 od. 3 Stunden hochdrehen.
Bei den Problemclients *VORHER* auf jeden Fall %windir%\Softwaredistribution leeren.